Les protocoles
Les protocoles
Le protocole commun de suivi des lacs d’altitude prend en compte les difficultés d’accès aux sites, le temps limité des agents de terrain, et la nécessité de réduire les coûts au maximum. Il repose donc sur :
- une campagne annuelle de terrain,
- un matériel de prélèvements optimisé,
- un temps de rapatriement des échantillons élastique,
- et de faibles coûts d’analyse des échantillons prélévés.
Les prélèvements et mesures se font à l’aplomb du point le plus profond du lac, identifié au GPS et matérialisé par une bouée de mouillage immergée à laquelle est fixée une corde permettant la fixation d'appareils de mesures tels que des capteurs de températures haute-fréquence.
Ces missions de terrain se déroulent en septembre (fin de la période de stratification et du pic de production primaire) et impliquent 3 personnes minimum, le matériel (bateau, rame, corde, sonde…) étant acheminé le plus souvent à dos d’homme.
Les acteurs s’engageant dans l’observatoire doivent respecter une charte de mise en œuvre des protocoles de suivi, afin d’assurer une homogénéité des données produites.
S'agissant d'un suivi sur le long terme, les discussions au sein du réseau permettent d'évaluer régulièrement la pertinence des mesures réalisées, et éventuellement de faire évoluer le protocole commun en fonction des connaissances acquises et des besoins définis.
Le protocole commun propose la mise en place de capteurs permanents de températures, des profils de sonde multi-paramètres et, sur certains lacs, un échantillonnage restreint de la masse d’eau (plancton et poissons). Les paramètres peuvent être classés selon deux catégories :
- Les paramètres « obligatoires »
- Les paramètres « optionnels »
Les paramètres obligatoires 
Trois paramètres, sont réalisés à minima sur chacun des lacs de l’observatoire :
- la transparence de l'eau,
- la réalisation d'un profil de sonde multi-paramètres sur l'ensemble de la colonne d'eau,
- le relevé des températures issues des capteurs, placés au fond du lac et sous la surface de l'eau, le long d'une chaine fixe immergée.
Ces paramètres, faciles à mettre en œuvre et nécessitant peu de matériel, ils apportent des informations sur :
- la transparence annuelle du lac et son état physico-chimique,
- l'évolution de la température de la colonne d'eau, en continu.
Les paramètres optionnels
Certaines années, des mesures et prélèvements complémentaires sont réalisés afin d'étudier plus précisément d'autres compartiments de l'écosystème. Il s'agit d'analyses chimiques, du phytoplancton, du zooplancton, de la concentration en chlorophylle a ...De plus, sur certains lacs, des capteurs de concentration en oxygène sont installés au fond des lacs.
Ces paramètres de suivis sont aujourd’hui optionnels car ils demandent plus de temps de mise en œuvre, et un coût récurrent pour l’analyse des échantillons.


La présence de poissons dans les lacs d’altitude, est liée, dans la majorité des cas, à des interventions humaines.
L’analyse de la chlorophylle a permet d'estimer la biomasse d’algues qui se retrouve dans le prélèvement d'eau. Il est ainsi possible de connaître la productivité du lac à un moment précis dans le temps. La comparaison des données de chlorophylle a au fil des années permet de déterminer si la productivité du lac est stable.
Le zooplancton est un plancton animal qui se nourrit de matière vivante, certaines espèces étant herbivores et d’autres carnivores.
Le phytoplancton, qui regroupe toutes les espèces d’organismes photosynthétiques de moins d’1 mm en suspension dans l’eau, se trouve à la base des chaînes alimentaires aquatiques.
Les concentrations de nombreuses espèces chimiques changent au sein d’un milieu lacustre, principalement du fait de l’activité biologique qui s’y déroule. C’est elle qui contrôle directement ou indirectement l’ensemble des réactions chimiques qui se produisent et qui conduisent à des environnements chimiques différents. A ces processus chimiques « naturels » s’ajoutent également les composés « synthétiques » (micro-polluants).

Relevée sur la colonne d’eau maximale, la profondeur de Secchi est une mesure simple et rapide pour déterminer la profondeur de la zone euphotique (profondeur d’eau exposée à une lumière suffisante pour que la photosynthèse se produise).